全市首批通过严格审核和已经确定的上海市临床中心有二十九家医院的优势学科，它们分别是：
　　　　小儿心血管临床医学中心(新华医院)　　　　　　儿外科畸形诊治临床医学中心(新华医院)

　　　　创伤骨科临床医学中心(第六人民医院)　　　　　糖尿病临床医学中心(第六人民医院)

　　　　临床口腔临床医学中心(第九人民医院)　　　　　整复外科临床医学中心(第九人民医院)

　　　　乳腺癌临床医学中心(肿瘤医院)　　　　　　　　肿瘤放射临床医学中心(肿瘤医院)

　　　　神经外科临床医学中心(华山医院)　　　　　　　手外科临床医学中心(华山医院)

　　　　风湿病临床医学中心(仁济医院)　　　　　　　　消化内科临床医学中心(仁济医院)

　　　　肝肿瘤学临床医学中心(中山医院)　　　　　　　心血管临床医学中心(中山医院)

　　　　微创外科临床医学中心(瑞金医院)　　　　　　　内分泌代谢临床医学中心(瑞金医院)

　　　　听觉医学临床医学中心(耳鼻喉科医院)　　　　　中医肝病临床医学中心(曙光医院)

　　　　肝胆外科临床医学中心(东方肝胆外科医院)　　　中医针灸推拿临床医学中心(岳阳医院)

　　　　脊柱外科临床医学中心(长征医院)　　　　　　　小儿外科疑难重症临床医学中心(儿科医院)

　　　　中医外科临床医学中心(龙华医院)　　　　　　　中医心脑血管病临床医学中心(铁路医院)

　　　　精神疾病临床医学中心(精神卫生中心)　　　　　肺部肿瘤临床医学中心(胸科医院)

　　　　成人心血管临床医学中心(长海医院)　　　　　　器官移植临床医学中心(第一人民医院)

　　　　视觉复明临床医学中心(第一人民医院/铁路医院)